(2001年11月30日重庆市第一届人民代表大会常务委员会第三十七次会议通过，2005年5月27日重庆市第二届人民代表大会常务委员会第十七次会议修正)
第一章总则
第一条为防治长江三峡水利枢纽工程库区流域(以下简称库区流域)水污染，保护和改善水环境质量，实现水资源持续利用，根据《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国水污染防治法实施细则》等法律、法规，结合本市实际，制定本条例。
第二条本市行政区域内长江三峡库区流域的水污染防治适用本条例。本市其他区域的水污染防治参照本条例执行。
第三条市和区、县(自治县、市)人民政府对本行政区域的水环境质量负责，市级有关部门的主要负责人对本部门职责范围内的水污染防治工作负责。市人民政府将国家确定的库区流域水污染防治总体目标，分解到区、县(自治县、市)人民政府和市级有关部门，并组织考核。
第四条各级环境保护行政主管部门(以下简称环保行政部门)对本行政区域的水污染防治工作实施统一监督管理。主要职责是：
(一)会同有关部门编制水污染防治规划；
(二)按照水污染防治规划，制定水污染防治工作目标；
(三)督促、检查水污染防治工作的执行情况；
(四)建立水环境监测网络并定期发布水环境质量报告；
(五)履行法律、法规规定的其他职责。有关行政部门、根据有关法律、法规的规定和职责分工，协同环保行政部门实施对水污染防治的监督管理。
第五条向库区流域水体排放污染物的企业事业单位和个人(以下简称排污单位)，对其排放的污染物承担治理责任。因排放污染物给他人造成损失或对水环境造成危害的，致害者应排除危害并予以赔偿。
第六条鼓励采用清洁生产工艺和先进实用技术，减少向水体排放污染物，提高水资源的重复利用率。
第七条建立和完善水污染防治的社会化投资融资机制，鼓励各种经济成分参与水污染防治项目的建设和运营，推进库区流域污水、垃圾治理和生态环境保护的产业化。
第二章水污染防治的监督管理
第八条长江干流适用的水环境功能类别执行国家规定。流域面积在一百平方公里以上的次级河流和跨区、县(自治县、市)的次级河流适用的水环境功能类别，由市环保行政部门在水功能区划分的基础上，提出方案，报市人民政府批准。其他次级河流适用的水环境功能类别，由区、县(自治县、市)环保行政部门在水功能区划分的基础上，提出方案，报同级人民政府批准，报市环保行政部门备案。区、县(自治县、市)人民政府应采取有效措施，确保本行政区域的水环境功能达到国家规定的水环境质量标准。
第九条库区流域水污染防治规划由市环保行政部门会同计划、水利等部门编制，经市人民政府审查同意并报国务院批准。跨区、县(自治县、市)次级河流水污染防治规划由市环保行政部门会同有关部门、有关区、县(自治县、市)人民政府编制，报市人民政府批准。其他次级河流污染防治规划由有关区、县(自治县、市)人民政府编制，经市环保行政部门审核后报市人民政府批准。水污染防治规划应当确定库区流域重点污染物排放量、重点污染物排放定期削减指标和防治水污染的重点控制区域及重点排污单位。水污染防治规划分别由市和区、县(自治县、市)人民政府组织实施。
第十条县级以上人民政府应对生活饮用水源水体、重要渔业水体、自然保护区和风景名胜区水体及其他具有特殊经济文化价值的水体，划定必要的水域和陆域进行重点保护。具体办法由市人民政府规定。
第十一条对排入库区流域的重点污染物实行总量控制制度。市环保行政部门会同水利等有关行政部门将库区流域水污染防治规划确定的重点污染物排放量，分年度下达到区、县(自治县、市)和重点排污单位。
第十二条建设向水体排放污染物的项目，不得突破本行政区域内的重点污染物排放总量。对重点污染物排放总量超过环境容量或总量控制指标的区域，新建增加污染物排放量的项目，必须削减现有排污量，并征得市环保行政部门同意。
第十三条当水体流量不能保证其自然净化能力时，环保行政部门应要求排污单位减排污染物，或依法报请同级人民政府责令排污单位暂停生产、经营。
第十四条建设直接或间接向水体排放污染物的项目，必须执行环境影响评价制度和污染防治设施与项目主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用的制度。环保行政部门在审批可能造成跨行政区域水环境污染的建设项目的环境影响评价报告书(表)时，应征求毗邻下游区、县(自治县、市)环保行政部门的意见，不能达成一致意见的，报上级环保行政部门裁定。
第十五条向水体排放污染物的排污单位，必须执行排污申报制度和排污许可证制度。排污申报的主要内容是：排污单位生产、经营规模；产品、原材料、生产工艺及工序；污染物排放设施、处理设施及其工艺、能力；正常作业条件下排放的重点污染物的种类、浓度、数量(含流量、日排放量、年度总量，下同)及排放去向、地点和方式。环保行政部门受理排污申报后十五日内进行核定，对申报情况属实且排放重点污染物达到排放标准和总量控制指标的，发给污染物排放许可证；对排放重点污染物超过排放标准或总量控制指标的，发给污染物排放临时许可证，并责令限期治理。禁止无排污许可证或违反排污许可证规定向水体排放污染物。
第十六条污染物排放许可证有效期不超过三年，有效期满前一个月，排污单位应按规定重新申领。污染物临时排放许可证有效期一般一年，特殊情况不超过两年。持污染物排放临时许可证的，必须在规定期限内完成治理。
第十七条排污单位在污染物排放许可证、污染物排放临时许可证有效期内，拟改变排污情况时，应将可能变化的内容提前二十日向环保行政部门进行变更申报，环保行政部门在受理申报后十五日内作出同意变更或不予变更的决定，同意变更的应更换污染物排放许可证、污染物排放临时许可证。
第十八条环保行政部门对排污申报以及排污变更申报有异议的，可以在收到申报后七日内进行现场核查。申报与核查不一致的，以核查为准。
第十九条排污单位对重点排放的种类、浓度、数量的申报，应以监测结果为依据。对不便监测或月排废水在三百吨以下的，可以按市环保行政部门规定的物料衡算方法申报。监测由排污单位委托有法定资质的环境监测机构按国家统一规范进行。
第二十条市环保行政部门负责受理重点排污单位和跨区、县(自治县、市)的排污单位的排污申报并实施排污许可和作出限期治理决定；区、县(自治县、市)环保行政部门负责受理其他排污单位的排污申报并实施排污许可和作出限期治理决定。