国家级自然保护区位于福建省漳州市云霄县漳江入海口，地理位置为东经117°24′07″～117°30′00″，北纬23°53′45″～23°56′00″，保护区总面积2360hm²，为福建省最重要的湿地生态系统类型的国家级自然保护区。
漳江口红树林保护区于1992年元月成立，1997年7月经省政府批准成为省级自然保护区，2003年6月经国务院批准升格为国家级自然保护区。保护区成立“漳江口红树林国家级自然保护区管理局”，内设办公室、计财与项目建设科、资源保护科，行政上隶属于云霄县人民政府，机构级别为相当于副处级的事业单位，编制数为35名，现有工作人员15人。
保护区所在的福建省云霄县地貌属闽粤花岗岩丘陵亚区，整个地势自西北向东南表现出明显的阶梯状降落，东、北、西三面高，中部及南部地势平坦开阔，构成了向东南开口的马蹄形的地貌。漳江口是云霄县最大的河流出海口。漳江下游地带母质为第四纪残积物质沉积，由古老冲积物、近代河流冲积、海积和风积形成。漳江是云霄县的主要河流，全长58km，流域面积855km2，径流总量1.011×109m3（包括客水1.53×108m3），全年全县平均径流量为6.35×108m3。
本区属亚热带海洋性季风气候，根据县气象台历史观测资料统计，年平均气温21.2℃，1月均温13.3℃，7月均温28.2℃，极端最高气温38.1℃，极端最低气温0.2℃，年平均风速2.7m/h，秋冬季多偏北风，春夏季多偏南风。年平均降雨量为1714.5mm，年平均蒸发量1718.4mm，年平均雷暴雨日数50.5d，年平均日照时数为2152.1h，年平均霜日数2.3d。
区内土壤为滨海滩涂淤泥和沙质淤泥，厚达2m以上。红树林土壤在国内外学术界称为酸性硫酸盐土，也称红树林沼泽土壤。土壤含盐量高（一般10‰以上），具盐渍化特征；土壤的PH值在3.5～7.5之间，土壤含有丰富的植物残体和有机质。
保护区内植物资源丰富，已初步查明维管束植物种类有80科185属224种（含亚种和变种），滩涂上生长着秋茄、白骨壤、桐花树、木榄、海漆、老鼠勒等5科6属6种红树林植物，属东方类群的红树植物；16科27属29种1变种盐沼植物；59科152属184种3变种1亚种滨海植物。
按照《中国植被》的划分方法，福建漳江口红树林湿地自然保护区主要植被类型可以分为红树林、滨海盐沼、滨海沙生植物被3个植被型；有白骨壤林、桐花树林、白骨壤林＋桐花树林、秋茄林、秋茄＋桐花树林、木榄林、芦苇盐沼、卡开芦盐沼、短叶茳芏盐沼、铺地黍盐沼、厚藤群落、苦蓝盘群落、露兜树群落共13个群系；有秋茄——老鼠勒等22个群丛。
保护区野生动物资源丰富，动物区系属东洋界中印亚界的华南区闽广沿海亚区。已查明野生脊椎动物共23目63科218种（不含鱼类）。列入国家一保护的有中华白海豚（Dugong dugon）和蟒蛇（Python molurus）共2种，国家二级保护的有宽吻海豚、伪虎鲸、江豚、黄嘴白鹭、鸢、黑翅鸢、普通鵟、白腹鹞、红隼、、小杓鹬、小青脚鹬、褐翅鸦鹃、蠵龟、（绿）海龟、玳瑁、太平洋丽龟、棱皮龟、虎纹蛙等19种。国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的野生动物162种，省重点保护动物24种。保护区鸟类中具有众多的双边国际性协定保护的候鸟，中国及日本两国政府协定保护候鸟77种，中国及澳大利亚两国政府协定保护候鸟41种。
保护区红树林区潮间带底栖动物28种。潮下带底栖生物181种。海区浮游植物201种，其中硅藻165种。浮游动物180种，其中水母类59种，桡足类71种。游泳动物182种，其中鱼类141种、甲壳类30种、头足类11种。还有10目12科27属45种的微生物。
红树林素有“海底森林”的美誉，有板状、拱形撑托虫系，包括宽大的有板状、拱形撑托、蛇形匍匐、笋状根、指状等各种造型的树根，有“胎生”现象，胚轴可长达20—40cm，琳琅满目悬挂在树冠丛中，把树林装扮得格外美丽。
红树林海岸更具有一种动态的美，高潮时，海水浸淹滩涂，红树林仅有各丛树冠露出海面，如同碧波荡漾中的一座座“绿岛”，在水中飘浮摇摆。低潮时，植株犹如巨人挺立在海滩。各种水鸟或集群飞翔，或分栖树梢，或独自漫步浅滩，或成群在水面游嬉。同时，潮间带各种海洋动物频繁活动，弹涂鱼蹦跳林下，招潮蟹神出鬼没。渔民们利用各种渔具捕捞海产品，整个红树林海岸呈现一派生机勃勃的动态景象。
红树林海岸旅游具有观赏、娱乐、知识和教育等多方面多层次的功能。红树林海岸神奇幽静、秀丽的景观美学价值，使其成为游客观赏、娱乐的适宜场所，人们可以在此从事划船、钓鱼、观鸟、野炊、品尝特产海鲜和热带水果等各种娱乐活动，在优美的环境中享受自然，亲近自然。
漳江口红树林国家级自然保护区是以红树林湿地生态系统、濒危动植物物种和东南沿海优质、水产种质资源为主要保护对象的湿地生态系统类型保护区。是我国北回归线北侧种类最多，生长最好的红树林天然群落。
漳江口保护区保护价值高。包括以下几个方面：
（1）多样性。保护区位于漳江入海口，为河口滩涂湿地，周边为农耕地，气温较高，雨水较多，湿度中等，气候适宜，为各种野生动植物提供了多种生境，形成了多样化的生态系统。由于生态系统的多样性，与之相适应的就形成了物种多样性。据统计，保护区内已定名的维管束植物80科185属224种。野生脊椎动物有359种，其中哺乳物4目9科14种；鸟类15目38科154种；爬行类3目11科37种；两栖类1目5科13种；鱼类141种。甲壳类30种，头足类11种，浮游动物180种，浮游植物201种，微生物45种。因而有丰富的物种多样性和遗传多样性。保护区有3个植被型13个群系22个群丛。
（2）稀有性。保护区不但有丰富的物种资源，还分布有许多具有重要科研、经济、文化价值的珍稀、濒危野生动植物种类。据统计，区内有属于国家重点保护的野生动物21种，其中国家一级保护动物2种，国家二级保护动物19种；“三有”动物162种；国际自然和自然资源保护联盟(IUCN)(1996)名单中的极危物种(CR)1种、濒危物种(EN)6种、易危种(VU)2种；属于濒危野生动植物种国际贸易公约(CITES)(1995)附录Ⅰ的有10种、附录Ⅱ的有14种、附录Ⅲ的有6种；属于国际候鸟保护协定中日、中澳候鸟保护协定分别为77种和41种。同时保护区内还分布有6种红树植物，特别是成片分布的20hm2的白骨壤林。此外，区内还有大面积的桐花树林和一定面积的秋茄林。
（3）典型性。保护区红树林是中国红树林自然分布北界的大面积重要的红树林区域，红树林生长繁茂，区内的白骨壤林、秋茄林、桐花树林都具有代表性，在一定程度上反映出我国红树林北缘分布区红树林的原貌，具有重要的生物地理学意义。
（4）过渡性。从植物区系看，植物属于泛北极植物区与古热带植物区两个植物区系的过渡地带，这里成为木榄、海漆、卤蕨的分布北界。从动物区系看，保护区的脊椎动物组成以东洋界种类为主，而在东洋界种类中，表现为华南区的种类占优势，华中区的种类其次。古北界物种较少。因而具有过渡性。
（5）天然性。保护区内拥有中国天然分布最北的大面积的红树林，面积达117.9hm2，占福建省天然红树林面积的48%。
漳江口保护区内有红树林、芦苇、卡开芦沼泽、短叶茳芏盐沼、江河、滩涂、河滩、鱼塘、水田等多种天然及人工湿地、滩涂底质有泥滩、泥沙滩、沙滩等各种类型，河网密布，湿地环境多样。保护区内红树林植物主要分布有秋茄、木榄等红树科植物，还有紫金牛科的桐花树、马鞭科的白骨壤、大戟科的海漆、爵床科的老鼠簕以及伴生植物三叶鱼藤等，保存了福建省面积最大、我国天然分布最北大面积天然红树林，具有较高的自然属性和典型的红树林群落特征，具有很高的保护研究价值，是湿地生物多样性的宝库之一，是活的自然博物馆；是进行生态、林业等研究的天然实验室；是向青少年普及科学知识和宣传自然保护的重要场所；有助于保护生态、保持地区生态平衡，也是开展生态旅游的理想场所。
漳江口红树林国家级自然保护区是东亚水鸟迁徙的重要驿站，每年均有大量的湿地鸟类途经保护区。据调查，有中国及日本两国政府协定保护候鸟绿鹭、夜鹭、大白鹭、中白鹭、黄斑苇开鸟 、及小鸊鷉、针尾鸭、绿翅鸭、绿头鸭、琵嘴鸭、金斑鸻 、大杓鹬、中杓鹬、白腰杓鹬、矶鹬、反嘴鹬、红腹滨鹬、红嘴鸥、家燕、金腰燕、白鹡鸰 等77种；有中国及澳大利亚两国政府协定保护候鸟红脚鹬、青脚鹬、矶鹬、灰鹬、牛背鹭、小军舰鸟、金眶鸻、金斑鸻 、红嘴巨鸥、普通燕鸥等41种。
每年均有大量的鸻 鹬类及雁鸭类候鸟在保护区内停留觅食，补充体力，继续迁徒，是鸟类迁徒的重要补给站和加油站，具有国际保护意义。同时包括池鹭、白鹭、绿鹭、夜鹭等各种鹭科鸟类混群营巢于红树林中，形成壮观的景象，这些鸟类与红树林一起为保护区提供了宝贵的观赏资源。
漳江口多年来一直是福建省污染最轻的河流之一，同时由于保护区位于河口位置，生境异质性高，又能过滤上游带来的有机物质，红树林具有高生产率、高归还率、高分解率的特点，区内丰富的浮游动植物为150多种鸟类、240多种水生动物和近400种水生物提供了栖息和觅食的理想场所。红树林周边鱼类和甲壳类品质高，在全国享有盛名，特别是天然蛏苗和泥蚶是区域的品牌产品，区内优质水产种质资源主要有：重要经济鱼类种质资源有斑鰶、鲻鱼、黄鳍鲷、日本鳀；重要经济软体动物种质资源有泥蚶、多纹巴非蛤、长竹蛏、大竹蛏、缢蛏、密鳞牡蛎；重要经济甲壳动物种质资源有日本对虾、鲜明鼓虾、日本鼓虾、锯缘青蟹等；以及其他经济种质资源有二色桌片参、黑斑口虾蛄、方格星虫。漳江口广阔滩涂天然生长着数量巨大的缢蛏及锯缘青蟹苗，是周边地区竹塔村及船场村群众主要的经济来源，占其总收入的70%。
福建省人民政府从1998年开始将保护区建设内容列入省长对市长、市长对县长的环保目标责任状，每年进行一次检查考核，促进自然保护区建设。根据省政府精神，云霄县人民政府高度重视红树林自然保护区的保护工作，积极动员社会各方力量参与保护工作，由主管的林业局、保护区管理局和所涉及的东厦镇人民政府联合成立了保护区联合保护委员会，建立了社区共管机制。同时加强自然保护区的建设和管理，现有建筑面积300m2，汽车、巡逻船等交通管护设备，购置了计算机等办公设备，配备了相应的通讯设施等。保护区正积极开展总体规划和工程建设可行性研究报告的编制上报工作，获国家林业局批准，将积极组织实施。
保护区成立以来，十分重视与大专院校和科研部门合作，分别与厦门大学、福建农林大学、省林科院、省野生动植物与湿地资源监测中心、省野生动植物与湿地研究中心等开展了一系列的科研合作，取得一系列的科研成果。保护区也十分重视学习国际先进的管理技术，与香港米埔红树林保护区建立协作关系，由香港汇丰银行、世界自然基金会提供资金，为漳江口红树林保护区培训管理人员和社区工作人员30人次，引进国际先进的管理理念，提高管理水平，编制并完善管理计划。
保护区坚持“以人为本，和谐发展”的管理理念，由香港汇丰银行有限公司出资开展“保护区周边群众对滩涂依赖程度”等一系列的科学研究，了解保护区与周边群众生产生活的关系，寻找替代生计，改善当地群众的生产生活条件，提高群众的生活水平；制订完善的社区共管计划，成立社区共管委员会，并将管理计划广泛征求当地村民代表和有关专家的意见，求得共识，增进了解，促进保护区与周边社区的和谐发展。
为进一步改善社区群众的生活条件，提高群众的生活水平，增加保护区的发展后劲，近期保护区将开展生态旅游规划，合理利用现有资源，提高保护区的知名度与建设水平。