毫无疑问，BOT是从计划经济体制向市场经济体制跨出了一大步。但最近在媒体上有许多提法，将市场化与BOT几乎划上了等号。这是一个很大的误解。由于BOT在我国也才刚刚开始，人们对其了解不多，这种误解容易导致实践上的重大损失。
市场化应该是以产权制度改革为基础、以经营性收费为前提、以特许经营权制度为政府的主要管理手段的体制改革。在表面形式上好象与BOT相似，但在体制和运作机制上完全不是一回事。BOT是企业（国内的或国外的）与政府先达成一定的协议，由政府提供完全担保，企业提供资金兴办处理厂，运营一定年限后，将处理厂移交给政府。这里最重要的是政府的担保。如果企业收费达不到协议要求，政府财政将承担全部差额，或者以别的方式予以补偿。因此，不论企业经营如何，其收入都有政府保证。企业与企业之间，可以没有竞争，或者这种竞争对于企业并不特别重要，最重要的是企业与政府最初的协议。BOT在实质上是一种融资方式，是政府向企业借钱，风险主要由政府承担。
从产权制度上看，在BOT中，处理厂产权的最终所有者是政府。在融资者经营期内，产权属谁不甚明确。从表面看，似乎归融资者。但融资者通过与政府的协议已将资产经营风险转移给政府，把稳定的利润留给了融资者自己。在市场经济中，任何资产的拥有者都不具有这种特殊地位。所以，BOT中的资产拥有者实质上是政府。只不过在投资和一定的利润未收回以前，资产拥有者没有资产的经营权和处分权。融资者虽然不是资产的所有者，但它通过借钱给政府，并通过一定时期的经营权收回借贷资金、获取一定利润。
如果实行市场化，风险完全由企业承担，政府通过管理市场、规范收费为企业提供保障和帮助。这与风险主要由政府承担在本质上是不一样的。而且政府的这种保障和帮助与BOT中融资者同政府签订的协议，有本质的不同。这种保障和帮助，是政府通过法律和管理提供的，并非政府对企业直接的资金承诺。企业在这个特殊的市场中，完全可能出现亏损，甚至破产。但在BOT方式中，这几乎不可能。在市场化中，竞争将会成为企业进步的强大动力。
在我国大量兴办处理厂的高峰时期，由于急需资金，BOT的确是一种融资的好方式。只要掌握得当，政府和企业可能双赢。但是，世界上没有一个国家以BOT作为大量兴办处理厂的主力方式，一般作为补充方式，或者是大量兴建处理厂的初期国内来不及供应资金时的临时措施。而且BOT的融资方一般是拥有资金的发达国家或国内较大的企业，BOT的接受方一般是发展中国家或一国中的落后地区。
显然，一个国家或一个地区不可能全部或主要靠借钱来兴建处理厂，只能主要依靠政府和民众的财力，“借钱”只能是一种补充。在我国刚刚开始大规模兴建处理厂的时候，宣传和提倡BOT有其积极和现实的意义。但基点必须放在实施市场化上。如果将BOT与市场化划等号，一个国家不但不能建立市场化，而且处理厂的建设和运营也将出现畸形。