美印核能合作将使伊朗和朝鲜核问题的解决更加困难和棘手。美印核能合作表明美国在防止核扩散方面采取双重标准。美国政府一方面在迫使伊朗放弃核燃料循环技术和迫使朝鲜放弃核武器计划，另一方面却在想方设法向印度提供核燃料和核技术，使印度获得扩大其核武库的能力。美国政府对其双重标准的做法毫不隐讳。美国副国务卿伯恩斯在2006年4月6日承认，美国的做法是双重标准，美国对待印度与对待伊朗和朝鲜不同。美国解释这样做的理由是，印度是一个负责任的民主国家，具有很好的核不扩散记录，而伊朗和朝鲜则恰恰相反。然而事实上，印度的核不扩散记录并非像美国政府说的那样好。