基质和污泥之间的接触情况是厌氧消化中的关键影响因素，因为接触状况直接决定着传质过程和传质效率，而传质过程及传质效率又决定了厌氧消化反应能否顺畅进行，所以，只有实现基质与微生物之问充分而又有效的接触才能最大限度地发挥反应器的处理效率。厌氧反应器的接触方式主要有3种，搅拌接触、流动接触和气泡搅动接触。在新型高效厌氧反应器中主要是依靠气泡搅动接触和流动接触，尤其是前者。较少采用搅拌接触是因为搅拌接触需要消耗动力，增加运行成本。而流动接触不需要耗能，让进水以某种方式流过厌氧污泥层或厌氧生物膜，即可实现基质与微生物的接触。厌氧反应器内都有沼气产生，生化反应中产生的气体以分了态排出细胞并溶于水中。当溶解达到饱和后，便会以气泡形式析出，并就近附着于疏水性污泥固体表面。在气泡的浮力作用下，污泥颗粒上下漂浮移动，与水交替接触;大气泡脱离污泥颗粒而升腾时，搅动污泥颗粒与流体的湍动和交混。