植物秸秆和残枝落叶是来年发生病害之源。用秸秆养蚯蚓时，由于各种微生物的作用，堆温增高迅速，可达 80℃的高温，秸秆上的病虫大部分被杀死。蚯蚓是一种活的，长效的没有任何副作用的杀虫杀菌剂。
蚯蚓不停地吞食农作物秸秆，排出灰黑色粪便小颗粒，这些小颗粒疏松多孔，透气性好，保水性能强，而且抗压性强，是非常优质的有机肥。2001年经北京蔬菜监督检测测试中心化验，蚯蚓粪 pH值为7左右，氮、磷、钾含量高，并含腐殖酸10．5％，有机质高达20％以上，另外还含有 17种氨基酸和多种微量元素。蚯蚓肥在促进农作物生长的同时，因好气性微生物在其上大量繁殖，加速了秸秆内和土壤中农药残留的降解，每粒蚯蚓粪便事实上是一个小水库，是一个随时供给植物营养的营养库，又是一颗土壤消毒丸。