企鹅是南极的土著居民，人们把它看作是南极的象征。那么，南极企鹅的老家在什么地方？企鹅的祖先会不会飞？企鹅是由什么动物进化来的？这些问题迄今为止仍然是个谜。
有的科学家认为，南极洲的企鹅来源于冈瓦纳大陆裂解时期的一种会飞的动物。在大约距今2亿年前，冈瓦纳大陆开始分裂和解体，南极大陆被分裂出来，开始向南漂移。此时，恰巧有一群会飞的鸟在海洋上空飞翔，发现漂移的南极大陆是一块王道乐土，于是它们盘旋着、观看着、唧唧喳喳地“议论”着，最后降落在这块土地上。起初，它们生活得很美满，日子过得很舒服。然而，好景不长，随着这块大陆的南移，气候越来越冷，离温暖的大陆越来越远，它们想飞离这块地方已不可能了，只好在这块土地上安分守己地呆下去。不久南极大陆漂移到了现在这个地方，日久天长，终于盖上了厚厚的冰雪，原来繁茂的生物大批地死亡，唯有企鹅的祖先——一种会飞的动物活了下来。但是，它们却发生了脱胎换骨的变化，翅膀退化，由会飞变得不会飞了，成了大腹便便的胖子，行走的姿势也变成直立的了。与此同时，生理功能也发生了根本的变化，抗低温的能力增强，食性也有所改变。随着岁月的流逝，世纪的更替，终于变成现今的企鹅。
上面的说法有些离奇，但也不完全是无中生有，多少有些科学根据。古生物学家在南极洲曾经发现过类似企鹅的化石，它具有两栖动物的特征，这也许就是企鹅的祖先。
企鹅起源问题的科学解释，仍然是生物学家求索。探讨和研究的课题，这个谜总有一天会被揭开。