太湖环境保护一直是江浙两省上至官员、下至百姓关注的热点。在今年浙江两会期间，太湖蓝藻事件再次引起了两会代表、委员对太湖的生态环境以及浙江生态环境的忧思。
浙江省人大代表、浙江省淡水水产研究所所长叶金云表示，他一直在关注太湖蓝藻防治工程，叶金云代表认为这是一项综合性、系统性、复杂性工程。他说蓝藻爆发范围每年都在扩大，已经扩展到整个太湖，去年入夏尤其是8月以来，一度影响到湖州市区城西水厂的取水口水质安全问题了。目前，湖州当地采取的设置浮坝拦截、人工清淤打捞、生态修复等措施，只是减少蓝藻的权宜之计，缺少有效的防治技术支撑，不能达到治本的目的。
叶金云代表建议浙江省政府是不是可以出面，成立一个太湖水污染防治科技攻关工作组，组织优势科研机构、企业和专家等，对太湖蓝藻防治进行技术攻关。通过控制蓝藻的生长条件来阻止太湖“水华”的发生，立足长远、标本兼治，从根本上减轻或避免太湖蓝藻在浙江水域大规模爆发的可能，确保群众饮水安全。
嘉兴市地处杭嘉湖平原水乡，过境水达百分之八十，深受跨流域水污染的影响。其中，以外省的江苏和同省的杭州、湖州对其影响最大。来自嘉兴的浙江省第十届政协代表隗斌贤教授称，通过多年的调查，他认为“症结”主要在跨地区造成的污染责任主体不清，追究难度很大。隗斌贤建议，应该首先从机制入手，由各地联合建立太湖流域水资源和水环境管理委员会。在资金上，建立邻域水生态双向补偿制度。涉及江苏省的问题由中央来推动，浙江与江苏共建邻域水生态补偿专项基金。浙江省内则由浙江政府推动，以保证金和抵押金的形式建立地区间的补偿专项基金。在补偿责任的落实上，可以在各地交接处设立二十四小时自动监测站，对出入境水质进行检测，由区域水环境管理机构确定水质差异，专业部门确立补偿责任，对受污染区进行补偿。
