畜禽粪便是重要的农业污染源，北京市通过采取规模养殖场畜禽粪便（固体）集中收集、储存和发酵制肥等综合利用技术，使粪便资源量利用占到全市总量的85%以上；在减少化肥施用量方面，通过采取化肥减量、有机替代、绿色培肥等技术，2006—2013年累计推广测土配方肥59.37万吨，推广面积1219万亩次，使全市化肥用量降幅达18.2%；在减少农药用量方面，通过建立绿色防控体系，推广太阳能杀虫灯、投放性诱捕剂、布设黄板色板等生物物理防治措施，使全市绿色防控面积从2006年的46.75万亩增加到2013年的113.6万亩，生物农药使用比例占总量从4.8%提高到14.23%，化学农药用量下降比例达到34.6%。
经环保部与农业部确认，北京市农业化学需氧量和氨氮已经分别下降了12％和10%，均已超额完成北京市政府农业水污染源减排考核指标，北京由此成为全国首个完成 “十二五”农业水污染源减排任务的省市。
