两百个村庄“两污”治理是洱海治理的关键，该工程将在奶牛养殖集中区域200个村建设污水收集处理体统，全面消减入湖主要污染物；三万亩湿地工程以洱海生态旅游走廊为重点，启动新一轮“三退三还”，实施洱海流域3万亩连片湿地生态恢复建设；亿方清水入湖工程将着力实施弥苴河等10条主要入湖河溪的综合治理及生态环境保护和清水生产机制修复，统筹区域水资源综合调度利用，保护洱海流域水源地生态。
“我们将认真组织实施好洱海二类水质目标行动计划，使洱海生态环境稳定好转，努力建成全国一流的生态文明示范区。”大理白族自治州代州长何华说，大理将组建大理州洱海流域保护局，负责洱海流域保护治理工作，加强联合执法力度；组建大理州洱海保护投资建设公司，形成“投、融、建、管”一体化的市场运作机制；探索建立生态补偿新机制，建立洱海流域环保设施运营奖补考核长效机制，确保洱海流域环保基础设施正常运营；提高流域污水、垃圾和畜禽粪便的收集、处理、排放率，并加强宣传，保护好洱海。
为治理洱海流域污染，大理州正在加紧推进新建垃圾焚烧发电厂和年处理粪便等其他分废弃物80万吨的肥料公司建设，项目完工后，将使洱海流域生活垃圾等废弃物和畜禽粪便得到有效处理，最大限度减少其对洱海的污染。
洱海为云南第二大高原淡水湖泊，属于澜沧江水系，是著名的苍山洱海自然保护区和风景名胜区的核心，其水质曾在2003年急剧恶化，局部水域降至Ⅳ类，后经治理，水质明显好转，2006年以来总体稳定保持在三类以内，2011年7月，洱海被列为中国湖泊生态环境保护试点。
除加速治理洱海以外，云南其余八大高原湖泊治理速度也在提升。据了解云南省环保厅副厅长左伯俊介绍，“十二五”期间，云南省将规划295个项目，总投资552.74亿元人民币治理滇池、洱海、泸沽湖等云南九大高原湖泊，全面加速九大高原湖泊治理、保护工作，使之水质大为改善，水体功能得以恢复，为中国湖泊治理提供借鉴经验。