中俄双边环保合作起步于上世纪90年代初。随着两国战略协作伙伴关系的确立和发展，两国环保合作呈现出三大特点:一是合作地位不断提升，迅速进入两国政治议程；合作领域和渠道不断拓展，涉及自然保护、跨界水体污染防治和联合监测等方面，包括中央政府和两国毗邻地方政府等层面；合作活动迈向务实和机制化，今年9月在两国总理定期会晤委员下建立了环保分委会这一长效机制和综合平台。
1994年5月，中俄两国政府签署了《中华人民共和国政府和俄罗斯联邦政府环境保护合作协定》，正式启动了两国环保合作进程，开始了人员互访和技术交流。同年，中、蒙、俄三国还签署了关于《中、蒙、俄共同自然保护区的协定》，三国在该协定框架下多次召开了共同保护区联委会会议，开展了不少合作与交流活动。
1996年，中俄两国宣布建立“平等信任、面向21世纪的战略协作伙伴关系”。中俄战略协作伙伴关系是以和平共处五项原则为基础的新型国家关系，机制化是其运作方式的重要特点，主要包括高层定期政治会晤制度、双方合作协调和指导制度、国际磋商制度和民间交往制度。从此，两国间的友好合作与交流逐渐全面展开。到2001年，两国又签署了具里程碑意义的《中俄睦邻友好合作条约》，大大加快了中俄友好合作与交流的进程。截至目前，中俄两国总理举行了10次定期会晤，除新建的环保分委会外，在该机制下已建立了能源、经贸、科技、运输、核能、银行、航天、信息和通讯技术、民用航空技术等9个分委会，涉及国民经济的主要方面，合作非常活跃，前景广阔。
在中俄两国这一新型的战略关系发展进程中，环保合作相继进入两国高层会晤的机制和成果之中，合作进程得到大大推进。
中俄两国元首于1997年11月在北京签署的《联合声明》指出，两国在保护和改善环境状况、共同防止跨界污染、合理和节约利用自然资源(包括跨界水资源)方面开展合作。《中俄睦邻友好合作条约》第十九条规定，缔约双方将在保护和改善环境状况，预防跨界污染，公平合理利用边境水体、太平洋北部及界河流域的生物资源领域进行合作，共同努力保护边境地区稀有植物、动物种群和自然生态系统，并就预防两国发生的自然灾害和由技术原因造成的重大事故及消除其后果进行合作。2006年3月，中俄两国元首胡锦涛主席和普京总统签署的《联合声明》指出，近年来，两国中央及地方政府在环保和自然资源利用方面的合作进一步加强。双方同意，共同加强双方边境地区的环境保护，积极预防环境事故，将边界地区环境风险降至最低；双方将就签署跨界水保护和合理利用合作的协定加快磋商。
在两国总理定期会晤层面，2003年的《中俄总理第八次定期会晤联合公报》提出，双方决心解决环境保护问题，包括保护黑龙江和其他跨界河流的生态系统，并就防治跨界环境的污染等方面开展密切合作，在对跨界水体进行联合生态监测的基础上制定改善黑龙江状况的共同措施，并考虑制定关于跨界水保护领域合作的政府间协议。双方将共同与其他国家和各国国际组织就环境保护、生物多样性保护和跨界自然保护区问题开展合作。在2004年的《中俄总理第九次定期会晤联合公报》中，双方表示将继续在共同监测跨界河流水质方面开展合作，并考虑制定保护跨界水的政府间协议。到2005年，《中俄总理第十次定期会晤联合公报》正式提出，双方将继续提高环保领域合作水平，在中俄总理定期会晤机制下设立中俄环保合作分委会。
中俄两国山水相连，生态环境相互贯通，环保合作的不断加强是双方共同的需要，符合两国和两国人民的根本利益。中俄两国有4300多公里的边境线，共同拥有黑龙江、乌苏里江、额尔古纳河、松阿察河及兴凯湖等“两江、两河、一湖”，涉及大小岛屿近2500个。两国界河里程之长(3479公里)，岛屿之多，为世界之最。同时，中俄两国许多陆地动植物存在着天然的联系。
在自然保护领域，两国于1996年4月签署了《中华人民共和国政府与俄罗斯联邦政府关于兴凯湖国家自然保护区的协定》。目前，有关合作已进入实质性阶段，开展了一些有益的保护工作，并正在协商成立中俄兴凯湖自然保护区“混合委员会”等重要事宜。在1997年，双方又签署了《中华人民共和国政府与俄罗斯联邦政府关于共同保护东北虎及其栖息地的协定》，启动了相关交流活动。
跨界水体水质联合监测一直是中俄环保合作的重点，在2005年松花江污染事故之后进一步得到加强。在2002年，双方就签订了《中俄联合监测界江备忘录》。据此，中俄两国有关部门在2002~2003年对黑龙江和乌苏里江进行了8次联合监测。2006年2月，中国国家环保总局和俄罗斯联邦自然资源部签署了《关于中俄两国跨界水体水质联合监测的谅解备忘录》，今年5月，双方进一步签署了《关于中俄跨界水体水质联合监测计划》。根据该《计划》，中俄两国将联合在额尔古纳河、黑龙江、乌苏里江、绥芬河、兴凯湖开展联合监测。《计划》将于2007年开始实施，为期4年。今年8月的/牛河水污染事故之后，中俄两国对松花江和黑龙江水质又开展了专项联合监测。
围绕自然保护和跨界水体联合监测，中俄两国毗邻地方政府也开展较频繁的合作活动。2002年，黑龙江省三江国家级自然保护区与俄罗斯哈巴罗夫斯克大赫黑契尔国家自然保护区就联合保护乌苏里江下游流域自然环境达成了有关协议，将对珍稀物种的分布情况和种群数量进行联合考察，开展两区国际生态旅游，双方各自加强基础设施建设。2004年，就中俄界河(黑龙江、乌苏里江)联合监测和其他环保合作问题，黑龙江省环境保护局与俄罗斯联邦哈巴罗夫斯克边疆区和犹太自治州相关部门签署了专题《会议纪要》，商定在2005~2006年，双方开展中俄界河联合监测，成立工作协调组和技术专家组，建立定期会晤机制，对界河水质及流域污染源状况进行考察，开展学术交流和科学研究，开拓更高层次的环保合作。黑龙江省与俄罗斯犹太自治州还于2005年5月签署了《中国黑龙江省人民政府与俄罗斯犹太自治州政府会谈纪要》，就自然资源开发和环境保护等方面达成合作协议。今年3月份，黑龙江省漠河县动工兴建“对俄生态工业园”，标志着环保合作与经济合作相结合的新趋势。
在《中、蒙、俄共同自然保护区的协定》下，内蒙古自治区积极参与了共同保护区的合作与交流活动。围绕跨界水体额尔古纳河，内蒙古与俄罗斯赤塔州多次开展合作。2003年以来，双方两次签署环保合作的会议纪要，并于今年2月对额尔古纳河水质进行了联合监测。今年8月双方正式签署了《中国内蒙古自治区政府与俄罗斯联邦赤塔州政府关于保护额尔古纳河的合作协议草案》，并制定了关于额尔古纳河水质及沿岸生态状况的2006~2007年共同监测计划。围绕呼伦贝尔地区土地荒漠化治理问题，俄罗斯全俄“威廉”饲料生产科研院与内蒙古满洲里市于2005年7月达成合作意向。
中俄环保合作既是两国战略协作伙伴关系发展的必然产物，也是两国环境保护事业发展的需要，所以，尽管中俄环保合作起步较晚，进程较短，但发展迅速，势头旺盛。