云南省高级人民法院副院长田成有介绍了这起环保公益诉讼案的基本情况：三农公司、羊甫公司畜牧小区项目自2008年6月起，在环保治污设施未通过竣工验收的情况下，陆续将承包的养殖用地分割发包给200余户生猪养殖户，并与生猪养殖户签订了《昆明市标准化生猪养殖基地小哨三农生态畜牧园项目承包合同书》，养殖户就此进入畜牧小区从事生猪养殖至今。由于三农公司、羊甫公司的环保设施未经环评验收合格，养殖废水渗入地下水系统，导致嵩明县杨林镇大树营村委会七里湾大龙潭水于2009年11月初开始出现发黑发臭现象，致使长期以来依赖该龙潭水生产、生活的大树营村委会相关村组人畜饮水发生困难。
经环境监测部门多次抽样检测，证实该龙潭水氨氮指标和菌落总数及大肠杆菌等指标严重超标。污染事故发生后，官渡区环保局经过相关行政调查程序，给予三农公司责令停止生猪养殖，罚款50万元的行政处罚，并根据环境后评估评审结果和现状通知其立即停止畜牧小区建设，重新进行环境影响评价。
2010年2月27日至3月3日，畜牧小区再次发生养殖废液泄漏进入地下水系统事故，经环境监测部门对大龙潭水检测，氨氮指标于3月5日达到峰值。至2010年12月6日最近一次采样监测，大龙潭水质相关指标仍超标。
2010年3月9日，官渡区环保局向官渡区人民法院申请执行畜牧小区停止养殖的处罚决定。三农公司先后于2010年3月2日、4月15日分两次向官渡区环保局缴纳了50万元的行政罚款。
污染事件发生后，昆明市环保局委托昆明市环境科学研究院对被污染的大龙潭饮用水源治理成本进行核算。该院于2010年1月8日作出关于《嵩明县杨林镇大树营村委会七里湾受污染大龙潭饮用水源治理成本评估报告》，结论是该饮用水源治理工程投资363.94万元，年供水成本53.27万元。
2010年6月21日，公益诉讼人昆明市环保局提起诉讼，请求判令：三农公司、羊甫公司立即停止对环境的侵害并赔偿相应损失417.21万元；由三农公司、羊甫公司赔偿为处理水污染事故所产生的专项应急环境监测费和污染治理成本评估费用计人民币155293元；由三农公司、羊甫公司承担本案的诉讼费用。
昆明市中级人民法院一审判决被告三农公司、羊甫公司立即停止对环境的侵害；由二被告于本判决生效后10日内向昆明市环境公益诉讼救济专项资金支付人民币417.21万元；向昆明市环境公益诉讼救济专项资金支付评估费人民币132520元；案件受理费40176.80元由二被告共同承担。
一审判决后，二被告不服提起上诉。二审中，双方争议焦点在于二上诉人对大龙潭水环境的侵权行为是否仍在继续、大龙潭的水质是否已经恢复、一审判决停止侵权是否适当；昆明市环境科学研究院出具的《嵩明县杨林镇大树营村委会七里湾受污染大龙潭饮用水源治理成本评估报告》是否具有可行性、必要性和科学性；二上诉人应否承担治理费用417.21万元及评估费132520元。
云南省高院审理后认为，首先，上诉人应当在环评验收后，才能开展经营活动，但到目前为止，上诉人仍未通过环评验收，其生猪养殖行为仍然属于违法生产；上诉人自己虽然已经停止生猪养殖，但200余户养殖户现在仍然在从事生猪养殖，仍然在向环境排放污水。上诉人与养殖户签订的《承包合同》明确约定了“五统一”，其中环保设施由上诉人统一建设，污水由上诉人统一处理，而上诉人并未按约履行。正因为上诉人未履行治污义务，致使养殖户继续排放污水造成污染。从现场情况看，污染事故发生后，上诉人修建的混凝土防渗池、污水处理厂等并未完全投入使用，至二审开庭时，上诉人仍然在向环境排污。多次连续的监测结果均表明，大龙潭水部分指标仍然超标，达不到三类水的饮用水标准。上诉人的侵权行为仍在继续，大龙潭水的水质未完全恢复。
行政机关作出的行政处罚与上诉人因侵权行为所应承担的民事责任并不冲突。上诉人的上诉理由不成立，本院不予支持，一审判决停止侵权适当。
其次，昆明环科院具有从事环境影响评估的专业资质，其作出的《嵩明县杨林镇大树营村委会七里湾受污染大龙潭饮用水源治理成本评估报告》具有科学性。大龙潭水系地表水，但由地下水生成。恢复被污染的地下水水质需要较高技术，昆明环科院针对已被污染和将可能被污染的大龙潭水进行治理的方案，具有现实可行性。虽然三农公司和羊甫公司对村民进行了赔偿并暂时解决了村民目前的饮用水困难，但无法从根本上保证村民的饮用水安全，故《治理成本评估报告》提出建盖治污设施具有必要性。大龙潭水目前仍处于被污染中，且该污染在雨季和非雨季所呈现的污染严重程度有所不同，大龙潭水质不稳定，故《治理成本评估报告》针对大龙潭水在严重污染时达到劣五类水水质提出建盖的治污设施仍具有时效性。
综合以上理由，云南省高院驳回昆明三农农牧有限公司、昆明羊甫联合牧业有限公司的上诉，维持原判。
