在IC反应器的前处理区中，由于进水向上的流动、气体的搅动以及内循环的作用，污泥床呈膨胀和悬浮状态，在这里，COD负荷和转化率都很高，大部分COD在此处被转变为沼气，然后，在一级沉降分离器收集，沼气产生上升力使泥水向上流动，通过上升管，进人顶部气体收集室，沼气排出，水和污泥经泥水下降管直接滑落至反应器底部，就形成了内部循环流，IC反应器即因此而得名。
一级沉降分离器的出水，在上部的UASB反应器即后处理区被再次处理，在这个区内，污泥浓度低，有机负荷亦较低，水力停留时间较长，而且内循环流没有经过这个区域，气流的搅动也小，出现了微生物停留和层流环境，避免了有机负荷高峰冲击时污泥的流失，从而保证了对一级分离器流出来的剩余COD的有效降解。
经二级沉降分离器后，沼气夹带泥水也通过上升管进人顶部气体收集室，沼气排出，水和污泥经过泥水下降管直接滑落到反应器底部，参与内部循环。