1 运行专项经费的管理
1.1 各托管站要对水站专项运行经费的使用严格把关。不能以任何理由将此专项经费挪做他用。中国环境监测总站有对各站经费的使用情况进行监督和检查的权利。
1.2 各托管站要实行专项经费专项管理的原则，建立水质自动监测站经费使用专项帐户。经费的使用仅限于与保证水质自动监测站正常运行有关的各项支出。
1.3 各托管站要建立健全财务规章制度规范财务行为，统筹安排经费预算，确保水质自动监测工作的完成。
1.4 各托管站要按要求将上一年度的经费使用决算上报总站。不按期上报年度经费使用决算和违反专款专用原则的，总站将按水质自动监测站运行管理考核及奖惩办法给予一定的惩罚。
2 运行专项经费使用范围
2.1 材料费：包括水质自动监测站在运行维护过程中消耗的试剂、零备件费用。
2.2 办公费：包括编制水质自动监测周报、快报等项工作所需的办公用品。
2.3 培训费：参加技术学习、培训与交流所需要的差旅、资料等费用。
2.4 维修费：指遇到自己不能排除的故障，请专人进行维修所支付的费用，以及更新仪器设备部件所需的费用。
2.5 水、电、通讯、交通及采暖费：包括水质自动监测站房用水、用电、通讯、交通及采暖所发生的经费。
2.6 安全保障费：包括水站的各类安全防护费用以及安全防护系统的定期检定费用等；
2.7 运行费用不包括技术人员的工资及福利。