近年来，常熟将农村污水治理作为区域生态环境改善的重点和难点来突破，探索“统一规划、统一建设、统一运行、统一管理”模式，构建“政府购买服务、企业一体化运作、委托第三方监管”机制，污水治理规划布局从“各自为政”向“整体推进”转变，治污设施从“量小散乱”向“全域覆盖”转变，体制机制从“多头管理”向“一体运作”转变，该市农村生活污水治理处理率和运行效果均居全国领先水平，被评为“县域村镇污水综合治理示范区”及“城市水体污染治理和水环境改善示范城市”。
2008年以前，常熟乡镇中的小规模生活污水处理站及分散式污水处理设施，分属于市镇村和相关部门，导致专项规划难衔接、设施管护不到位，设施正常运转率不足50%。近年来，当地打破行政区划界限，编制生活污水治理专项规划，撤并、改造和新建高标准集中式生活污水处理厂，规划布局农村分散式污水处理设施。通过选定科学处理方式，目前该市大部分农户生活污水纳入城镇管网处理，其他农户根据村庄形态和规模分类选用相对集中、村组处理和分户处理3种分散处理模式，以确保农户生活污水治理全覆盖。
常熟还对新建污水工程项目，编制相关技术规程和技术标准，规范招投标、材料设备采购、资金拨付、工程验收等建设管理。同时，委托专业公司集中运行，并由水务公司负责对其考核，有效保障了稳定可靠运行。政府部门在污水远程监控系统日常监督的基础上，通过购买服务，将设施运行及进出水水质检测等具体事务委托中科院生态环境研究中心实行第三方监管，并依据抽检和考核结果向运营单位和第三方支付服务费。
为减轻短期财政压力，降低投资和运行风险，常熟去年在全国首推农村分散式污水处理PPP模式，将总规模6亿元的项目按照政府采购程序选定一家企业，与国资企业共同组建项目公司，以特许经营25年的方式全过程、一体化负责项目融资、设计建设及运营维护。经营期内，按抽检考核结果支付费用，经营期满项目设施无偿移交政府部门，为农村生活污水治理开辟了政企合作新途径。
通过系统化建设治理，常熟农村污水直排问题逐步扭转，群众环保意识逐步增强。“十二五”以来，常熟全市省控断面Ⅲ类水比例达到61.11%，农村生活污水处理率达70%。农村面貌向洁化、亮化和美化转变，营造出卫生有序的人居环境、倡导健康文明的生活方式，实现了区域生态环境质量的显著提升。
《 人民日报 》（ 2016年09月17日 02 版）