9月18日，环保部网站发布对广深港客运专线有限责任公司广深港客运专线广州至深圳段工程的责令改正违法行为决定书。
在环境违法事实和证据一项，环保部称，上述公司新建铁路广深港客运专线广州至深圳段工程于2006年3月报环保部环评批复，环保部华南环境保护督查中心现场调查发现，该项目自2011年12月26日投入试运行至今，未向环保部门申请环境保护设施竣工验收。
环保部责令广深港客运专线广州至深圳段工程于2013年3月1日前办理环境保护设施竣工验收手续，并委托华南环境保护督查中心和广东省环保厅对广深港客运专线公司的改正违法行为的情况实施行政执法后督察。
广深港铁路客运专线与武广高铁相连，北起广州南站，经东莞、虎门，进入深圳，然后进入香港，其中，广深段全长104.5公里，已于去年底开通运行。
近年来，由于铁路项目的大规模开工建设和投产，铁路项目触发“环境违法”的几率亦加大。据本报粗略统计，此前，已有胶济铁路、津秦铁路、贵广铁路、哈齐铁路等重大铁路项目因环境违法被环保部发出警示。其中，胶济铁路更一度被环保部发出“工程停止使用”的要求。
此次广深高铁段被点名，在于其违反了《建设项目环境保护管理条例》(以下简称《条例》)第20条的规定。按此条规定，建设项目竣工后，需要进行试生产的建设项目，建设单位应当自建设项目投入试生产之日起3个月内，向审批该建设项目环评文件的部门，申请该建设项目需要配套建设的环境保护设施竣工验收。
同时，根据《条例》第27条逾期未办理的，责令停止试生产，可以处5万元以下的罚款。
环保部的一位官员对本报记者表示，“建设项目单位违反了第27条的规定，应立刻停止试生产，然后办理环保竣工验收手续。”上述官员还表示，5万的最高罚款对公路、铁路、水利水电等大中型基础设施建设项目而言的威慑力几乎不存在，建议在《条例》修订时提高罚款上限。
在前不久召开的在全国环保系统政府信息公开工作会议上，环保部部长周生贤曾表示，要推动修订《环境影响评价法》和《条例》，加强建设项目环境损益分析，研究建立环境保护成本合理分摊机制。
实际上，《条例》的修订早于2003年就已启动，并完成《条例修订草案(征求意见稿)》。但根据《国务院2012年立法工作计划》，《条例》的修订并不属于年内力争完成的项目，而只是属于需要积极研究论证的84个项目之一。