由于曝气生物滤池运行过程中，生物膜逐渐增厚。生物膜厚度一般控制在300-400um，此时生物膜的新陈代谢能力强，出水水质好。当生物膜厚度超过这一范围时，导致氧的传递速率降低，传质速度减缓，生物膜活性变差，出水水质变坏，这时就需要对滤池进行反冲洗。曝气生物滤池反冲洗日的与给水滤池不同，对于曝气生物滤池，主要是清除滤料颗粒间空隙内所截留的SS及部分脱落的生物膜，但必须保留足够的生物膜，否则会影响滤池处理效果。
曝气生物滤池多采用气水联合反冲洗，关键就是气与水的反冲洗强度，过低达不到反冲洗目的，过高会使生物膜严重脱落，影响处理效果，并造成滤料的流失及不必要的反冲洗耗水量、耗电量。