CASS以一定的时问序列运行，其运行过程包括充水-曝气、充水-泥水分离、上清液潍除和充水一闲置等4个阶段并组成其运行的一个周期。不同的运行阶段的运行方式可根据需要进行调整，如无反应充水(即进水时既不曝气也不搅拌)、无曝气充水混合、充水曝气及不进水曝气等。一个运行周期结束后，重复上一周期的运行并由此循环不止。循环过程中，反应器内的水位随进水而由初始的设计最低水位逐渐上升至最高设计水位，因而运行过程中其有效容积是逐渐增加的(即变容积运行)。曝气和搅拌阶段结束后，在静止条件下使活性污泥絮凝并进行泥水分离，沉淀结束后通过移动堰表面潍水装置排出上清水层并使反应器中的水位恢复至设计最低水位，然后，重复上一周期的运行。为保证系统在最佳条件下运行，必须定时排泥。CASS反应器中经沉淀后的污泥浓度可达10 OOOmg/ L以上，剩余污泥量要比传统的活性污泥处理工艺少得多。