所有生物除磷工艺皆从活性污泥法发展而来，即在原有活性污泥工艺的基础上，通过设置一个厌气阶段，选择能过量吸收并贮藏磷的微生物，以降低出水的磷含量。活性污泥中的细菌若生活在营养丰富的环境中，细胞能从外界大量吸收可溶性磷酸盐，在体内合成多聚磷酸盐积聚起来，作为贮存物质。当细菌细胞处于极为不利的生活条件中，例如，好气细菌处于厌气条件下，即所谓细菌“压抑”状态时，积累于体内的多聚磷酸盐就会分解，并以可溶性单磷酸盐的形式释放到环境中来，在这一过程中，同时有能量释放，供细菌在不利环境中维持生存所需，如果该类细菌再次进入营养丰富的好氧环境时，它将重复上述的体内积磷过程。