氟的危害主要表现为对农牧业的影响和人的影响：氟使植物受害的浓度只相当于二氧化硫的1%。但植物对氟的敏感性差别极大，植物在吸收、积蓄氟之后，叶子尖端及边缘枯黄萎落，严重时农作物发育不良，减产欠收。家畜中牛对氟最敏感， 严重氟中毒会造成骨骼损害变形、骨折、咀嚼困难， 以至消瘦、死亡。地方性氟病是由地质环境造成的，如水中含氟高引起氟骨病、牙斑症。
工业氟中毒则主要由含氟废气或废水造成。氟及其化合物可通过呼吸道、消化道、皮肤进入人体，刺激眼和上呼吸道的粘膜，引起炎症和过敏等。摄入的氟99%沉积在人体的骨骼和牙齿中，这些氟排泄缓慢，并与体内的钙生成氟化钙，使血钙减少，代谢紊乱，引起“牙斑病”和“氟骨病”;儿童的牙齿对氟更敏感，受影响更大。